具有破壞生物活性的功能，用于殺滅養殖環境、動物體表和工具上的有害生物或病原微生物，控制疾病傳播或發生。消毒劑種類很多，按作用機理分為氧化性消毒劑、表面活性劑、醛類等。常見的消毒劑有漂白粉、三氯異氰脲酸、二氧化氯、高錳酸鉀、聚維酮碘、苯扎溴銨等。

改良水體、底質等養殖環境的物質，可轉化或促進轉化水體環境中有毒有害物質、增加水體有益或營養元素，包括底質改良劑、水質改良劑等。一般分化學性和生物性兩類:常見的化學環境改良劑有生石灰、EDTA及沸石粉等;常見的生物環境改良劑有光合細菌、枯草芽孢桿菌等。

具有抑制細菌、病毒和真菌繁殖的功能，用于預防和治療因細菌、病毒和真菌所導致的魚蝦動物疾病。以內服為主，常見的抗微生物制劑以抗菌藥為主，有抗生素類(如氟苯尼考)、磺胺類(如磺胺二甲嘧啶等)和喹諾酮類(如諾氟沙星等)。

具有驅除或殺滅魚蝦動物體內、體表或養殖環境中寄生蟲的功能，用于抵御寄生蟲對養殖動物的侵害。根據用藥的方式，有內服和潑灑兩類。常見藥物有阿維菌素、甲苯咪唑、硫酸銅、氯氰菊酯等。

具有抑制微生物活性、增強養殖動物抗病能力等功能，用于預防和治療魚蝦疾病。中草藥具有天然、安全、藥效溫和等優點，是無公害養殖的首選藥物。常用中草藥有三黃粉、大蒜和板藍根等。

具有特定的生物活性，用于預防、治療或診斷特定的疾病。主要包括疫苗和生物診斷試劑等。